| ซีซั่น 02 | ลำดับตอนเวอร์ชันภาษาไทย |
| ปี 1997 |
| 043 – คดีลักพาตัวเอโดงาวะ โคนัน | ปี 1 EP.044 |
| 044 – คดีฆาตกรรมสามพี่น้องฮอตตะ | ปี 2 EP.045 |
| 045 – คดีฆาตกรรมครีมพอกหน้า | ปี 2 EP.046 |
| 046 – คดีฆาตกรรมบ้านพักภูเขาหิมะ | ปี 2 EP.047 |
| 047 – คดีฆาตกรรมสปอร์ตคลับ | ปี 2 EP.048 |
| 048 – คดีฆาตกรรมนักการทูต (ตอนแรก) | ปี 2 EP.049 |
| 049 – คดีฆาตกรรมนักการทูต (ตอนจบ) | ปี 2 EP.050 |
| 050 – คดีฆาตกรรมในห้องสมุด | ปี 2 EP.051 |
| 051 – คดีฆาตกรรมสนามฝึกซ้อมกอล์ฟ | ปี 2 EP.052 |
| 052 – คดีฆาตกรรมตำนานคิริเทนงู (ตอนพิเศษ 1 ชั่วโมง) | ปี 2 EP.053-054 |
| 053 – คดีฆาตกรรมอาวุธปริศนา | ปี 2 EP.055 |
| 054 – คดีฆาตกรรมบริษัทเกม | ปี 2 EP.056 |
| 055 – คดีฆาตกรรมบนรถไฟ | ปี 2 EP.057 |
| 056 – คดีฆาตกรรมบริษัททำความสะอาด | ปี 2 EP.058 |
| 057 – คดีฆาตกรรมคนบ้าโฮล์มส์ (ตอนแรก) | ปี 2 EP.059 |
| 058 – คดีฆาตกรรมคนบ้าโฮล์มส์ (ตอนจบ) | ปี 2 EP.060 |
| 059 – คดีฆาตกรรมเด็กเดินจ่ายตลาด | ปี 2 EP.061 |
| 060 – คดีฆาตกรรมนักวาดภาพ | ปี 2 EP.062 |
| 061 – คดีฆาตกรรมเรือผีสิง (ตอนแรก) | ปี 2 EP.063 |
| 062 – คดีฆาตกรรมเรือผีสิง (ตอนจบ) | ปี 2 EP.064 |
| 063 – คดีฆาตกรรมสัตว์ประหลาดโกเมล่า | ปี 2 EP.065 |
| 064 – คดีฆาตกรรมรอยนิ้วมือที่ 3 | ปี 2 EP.066 |
| 065 – คดีปริศนาลักพาตัวปูกับปลาวาฬ | ปี 2 EP.067 |
| 066 – คดีฆาตกรรมกลางถนนยามวิกาล | ปี 2 EP.068 |
| 067 – คดีฆาตกรรมนางเอกละครเวที | ปี 2 EP.069 |
| 068 – คดีฆาตกรรมไนท์บารอน (เปิดคดี) | ปี 2 EP.070 |
| 069 – คดีฆาตกรรมไนท์บารอน (ภาคสงสัย) | ปี 2 EP.071 |
| 070 – คดีฆาตกรรมไนท์บารอน (ภาคปิดคดี) | ปี 2 EP.072 |
| 071 – คดีฆาตกรรมนักตื้อ | ปี 2 EP.073 |
| 072 – คดีฆาตกรรมบ้านพักตากอากาศแฝดสาม | ปี 2 EP.074 |
| 073 – ปฏิบัติการขบวนการนักสืบเยาวชน | ปี 2 EP.075 |
| 074 – คดีฆาตกรรมยมทูตจินใน | ปี 2 EP.076 |
| 075 – คดีฆาตกรรมบริษัทเงินกู้ | ปี 2 EP.077 |
| 076 – โคนันปะทะจอมโจรคิด (ตอนพิเศษ 1 ชั่วโมง) | ปี 2 EP.078-079 |
| 077 – คดีฆาตกรรมต่อเนื่องในบ้านเศรษฐี (ตอนแรก) | ปี 2 EP.080 |
| 078 – คดีฆาตกรรมต่อเนื่องในบ้านเศรษฐี (ตอนจบ) | ปี 2 EP.081 |
| 079 – คดีฆาตกรรมโจรปล้นธนาคาร | ปี 2 EP.082 |
| 080 – คดีฆาตกรรมจิตรกรพเนจร | ปี 2 EP.083 |
| 081 – คดีลักพาตัวนักร้องยอดนิยม (ตอนแรก) | ปี 2 EP.084 |
| 082 – คดีลักพาตัวนักร้องยอดนิยม (ตอนจบ) | ปี 2 EP.085 |
| 083 – คดีฆาตกรรมในโรงพยาบาล | ปี 2 EP.086 |
| 084 – คดีฆาตกรรมบ้านพักสกี (ตอนแรก) | ปี 2 EP.087 |
| 085 – คดีฆาตกรรมบ้านพักสกี (ตอนจบ) | ปี 2 EP.088 |
